四コマ漫画『キルミーベイベー』各巻の簡易目次のようなもの。
※単行本には詳しい目次が設けられていないので、参考までに簡単な概要を記した。
※おまけページのイラストなど、一部は省略している。
※アニメ版の詳細は、別掲記事「
『キルミーベイベー』漫画版とアニメ版の比較」を参照。
| 単行本第1巻（2009年2月11日発行） |
| ページ | エピソード概要 | 備考（アニメ版など） |
| 表紙 | キルミーダンス | アニメ版：エンドロール映像 |
| カラー | トントン相撲（ペーパークラフト） | － |
| カラー | まちがい探し | － |
| カラー | ミニ将棋（ペーパークラフト） | － |
| カラー | 福笑い（ペーパークラフト） | － |
| カラー | たのしいぬりえ | － |
| 9～16 | 殺し屋ソーニャ、ゴキブリ | アニメ第1話 |
| 17～24 | 技を習う、鳥よけ、相撲 | アニメ第1、3話 |
| 25～32 | お化けの出る教室、あぎり登場 | アニメ第1話 |
| 33～38 | 野良犬が教室に | アニメ第1話 |
| 39～46 | 超能力（スプーン曲げなど） | アニメ第3話 |
| 47～54 | さまざまな技を習う | アニメ第2話 |
| 55～62 | 屋上でヌンチャク | アニメ第2話 |
| 63～68 | ジュース開栓 | アニメ第1話 |
| 69～76 | 公園で熊に遭遇 | アニメ第2話 |
| 77～84 | 扇子、浜辺でスイカ割り | アニメ第4話 |
| 85～92 | 迷い猫を追いかける | － |
| 93～100 | スーツ姿の刺客 | アニメ第4話 |
| 101～108 | ハリセン、ワンワン、ギプスのソーニャ、蜂 | アニメ第2話 |
| 109～116 | 台風の日 | アニメ第3、6話 |
| 117 | 内部図解 | － |
| 118 | 没キャラ | － |
| 単行本第2巻（2010年2月11日発行） |
| ページ | エピソード概要 | 備考（アニメ版など） |
| 表紙 | 二人三脚 | － |
| カラー | ペーパークラフト（三人の立体化） | － |
| カラー | ミルキーベイベー（ボクシング） | － |
| カラー | ひみつの衣装部屋（コスチューム） | － |
| 9～16 | 呪いの藁人形 | アニメ第3話 |
| 17～24 | ラジコンと折り紙飛行機 | アニメ第10話 |
| 25～32 | 雪だるま、雪合戦 | アニメ第10話 |
| 33～40 | 仕事に行こうとするソーニャ | アニメ第13話 |
| 41f.、75f. | 動物対決（蛇、虎） | － |
| 43～50 | あぎりの忍術（変わり身、各種巻物） | アニメ第話 |
| 51～58 | 睡眠不足のソーニャ | アニメ第12話 |
| 59～66 | 頭を良くする（知恵の輪、魚弁当、ヨガ） | アニメ第3、4話 |
| 67～74 | オモチャの手錠 | アニメ第13話 |
| 77～84 | アイスを買う | アニメ第4話 |
| 85～92 | 夏祭 | アニメ第5話 |
| 93～100 | 人形劇の練習 | アニメ第5話 |
| 101～108 | かき氷 | アニメ第6話 |
| 109～116 | 絆創膏、湿布、防弾チョッキ | アニメ第12話 |
| 117 | 超ショートスゴロク | － |
| 118 | 竹キル物語 | アニメ第11話 |
| 単行本第3巻（2011年3月13日発行） |
| ページ | エピソード概要 | 備考（アニメ版など） |
| 表紙 | ゾンビーベイベー | アニメ第11話 |
| 裏表紙 | ステレオグラム（立体視） | － |
| カラー | クラフトプレーン | アニメ第10話（アイキャッチ） |
| カラー | キル太郎 | アニメ第11話 |
| カラー | キルミーちゃんストラップ広告 | － |
| 9～16 | 蚊 | アニメ第7話 |
| 17～24 | クリスマスのソーニャ、新年会 | アニメ第10話 |
| 25～32 | 凧揚げ | アニメ第11話 |
| 33～40 | 風邪を引いたやすな | アニメ第10話 |
| 41～48 | 楽器演奏（タンバリン、シンバル） | アニメ第8話 |
| 49～56 | あぎりの家を訪れる | アニメ第6話 |
| 57～64 | 公園で子供と遊ぶ | アニメ第2話 |
| 65～72 | ジャグリング、皿回し | アニメ第7話 |
| 73～80 | やすなに変装した刺客たち | アニメ第4話 |
| 81～88 | 校内で虫捕り、あぎりの九官鳥 | アニメ第5話 |
| 89～96 | ダーツで勝負 | アニメ第8話 |
| 97～102 | 一斗缶が頭に嵌まったやすな | アニメ第8話 |
| 103～110 | 防災（消火器、地震） | － |
| 111～118 | ターゲットの写真、ソーニャを優しくさせる | アニメ第12話 |
| 単行本第4巻（2012年2月11日発行） |
| ページ | エピソード概要 | 備考（アニメ版など） |
| 表紙 | キルミアン（エイリアン） | － |
| カラー | だるま落としマスコット（ペーパークラフト） | － |
| カラー | 横長4コマ | － |
| カラー | パラパラマンガ | － |
| カラー | リバーシブルメモ帳 | － |
| 9～16 | 餅つき | アニメ第11話 |
| 17～24 | 瓦割り | OVA |
| 25～32 | 落とし物 | アニメ第9話 |
| 33f.、59f.、93f. | ネジ巻きロボットと呪いの人形 | － |
| 35～42 | トイレの霊 | OVA |
| 43～50 | ソーニャの誕生日パーティー | アニメ第13話 |
| 51～58 | ツチノコと刺客 | アニメ第9話 |
| 61～68 | 池で釣り | アニメ第9話 |
| 69～76 | 強運（あっち向いてホイ、危機一髪） | アニメ第9話 |
| 77～84 | つきまとう呪いの人形 | － |
| 85～92 | 催眠術（アロマ、鏡） | － |
| 95～102 | 犬を散歩させるやすな | － |
| 103～110 | ハロウィーンをなめない方が良い | OVA |
| 111～118 | 節約（貯金箱、やって欲しいこと） | － |
| 単行本第5巻（2013年4月11日発行） |
| ページ | エピソード概要 | 備考（アニメ版など） |
| 表紙 | 合体変形キルバスター | － |
| カラー | ペーパージオラマ（路上） | － |
| カラー | キルキュラ（ドラキュラ） | － |
| カラー | いろいろなやすな&ソーニャ（ハーピー、イカなど） | － |
| 9～16 | 手が冷たい、ギプスのやすな | OVA |
| 17～24 | 壁の穴に嵌まるソーニャ | － |
| 25～32 | スポーツ（サッカー、鉄棒など） | － |
| 33f.、59f.、85f. | 宇宙人に変化、キノコに変化 | － |
| 35～42 | 植物（花束、サボテン、感動的な桜） | － |
| 43～50 | 仏像時計 | OVA |
| 51～58 | 新聞紙の剣、鯉のぼり | － |
| 61～68 | 殺虫レーザーメカ | － |
| 69～76 | 山でキャンプ | － |
| 77～84 | 大人っぽくなりたい（辛味、化粧） | － |
| 87～94 | キノコが生える | － |
| 95～102 | 偽あぎりの刺客 | OVA |
| 103～110 | 凍った池でスケート | － |
| 111～118 | 新年（お年玉要求、折部神社、羽子板勝負） | － |
| 単行本第6巻（2014年4月11日発行） |
| ページ | エピソード概要 | 備考（アニメ版など） |
| 裏表紙 | 殺し屋探偵 | － |
| カラー | キルミーカー（ペーパークラフト） | － |
| カラー | 荒野のキルミー | － |
| 9～16 | あぎりの蔵掃除 | OVA |
| 17～24 | 爆弾刺客との電話 | － |
| 25～32 | 二人で着ぐるみに入る | － |
| 35～42 | コンテスト用の写真撮影 | － |
| 43～50 | 泣ける本、感情のコントロール | － |
| 51～58 | 階段を上る | － |
| 61～68 | あぎりの吹き矢 | － |
| 69～76 | 喉が嗄れた | － |
| 77～84 | ペット（猛獣、あぎりの忍蛇） | － |
| 87～94 | 落ち葉掃除 | － |
| 95～102 | 忍者屋敷迷路 | － |
| 103～110 | 心眼（アイマスク） | － |
| 111～118 | コタツと刺客 | － |
| 単行本第7巻（2015年5月12日発行） |
| ページ | エピソード概要 | 備考（アニメ版など） |
| 表紙 | イカとタコの憑依 | － |
| カラー | ペープサート（ペーパークラフト） | － |
| カラー | キルミー合成実験室（ソやーすニなャ） | － |
| カラー | キルの魔法使い | － |
| 9～16 | バランスボール、片足立ち | － |
| 17～24 | ローラースケートで帰宅 | － |
| 25～32 | 健康（規則正しい生活、エクササイズ） | － |
| 33～40 | 山で捜し物（土掘り） | － |
| 41～48 | 霊憑依 | － |
| 51～58 | 池の刺客デビルオクトパス | － |
| 59～66 | 喋るオウム鳥政 | － |
| 67～74 | 記憶力（忘れ物、神経衰弱） | － |
| 77～84 | スルメの加工工場（イカの霊） | － |
| 85～92 | 組み立てロボット | － |
| 95～102 | 忍者ゴーカート | － |
| 103～110 | 忍の里の秘伝のツボ | － |
| 111～118 | カブラチュパホイホイ | － |
| 単行本第8巻（2016年7月12日発行） |
| ページ | エピソード概要 | 備考（アニメ版など） |
| 表紙 | キルゴンファンタジー | － |
| カラー | キルミーモビール（ペーパークラフト） | － |
| カラー | スペースキルミー | － |
| カラー | 色々変化キルミー（モンスター化など） | － |
| 9～16 | 古い玩具箱（けん玉、ヨーヨーなど） | － |
| 17～24 | コンテスト用の映像撮影 | － |
| 25～32 | 形意拳（ショベルカー拳、フジツボ拳） | － |
| 35～42 | 忍者お化け屋敷 | － |
| 43～50 | 刺客ファントム・ガス | － |
| 51～58 | サッカー盤ゲーム | － |
| 61～68 | 我慢比べ（苛立ち、ケーキ） | － |
| 69～76 | やすなの全身アーマー | － |
| 77～84 | 不幸の腕輪、あぎりの占い館 | － |
| 85～92 | じゃんけんハンマー勝負 | － |
| 93～100 | エキサイティング折り紙（芸術点勝負） | － |
| 101～108 | ほら穴の調査 | － |
| 111～118 | 必殺パンチで勝負（騙し打ちナックル、不意打ちブレード） | － |
| 単行本第9巻（2017年11月11日発行） |
| ページ | エピソード概要 | 備考（アニメ版など） |
| 表紙 | キルミーボーン | － |
| カラー | キルミーイモムシ（ペーパークラフト） | － |
| カラー | 怪盗キルミー | － |
| 9～16 | 生け花 | － |
| 17～24 | 汚染川の巨大トカゲ | － |
| 25～32 | パチンガーY | － |
| 33～40 | 呪いのバット | － |
| 41～48 | ラジコン（戦車、忍者） | － |
| 51～58 | 体育館で（ダンクシュート、変則バドミントン） | － |
| 59～66 | 指人形と人形遣いの刺客 | － |
| 67～74 | マンドラゴラ栽培 | － |
| 77～84 | 弓矢 | － |
| 85～92 | ウナギ模型と卯ナギ | － |
| 93～100 | バズーカ勝負とあぎりのロデオマシーン | － |
| 103～110 | 幽体離脱薬 | － |
| 111～118 | 粘土（可食粘土、絶対防御粘土スーツ） | － |
| 単行本第10巻（2018年12月12日発行） |
| ページ | エピソード概要 | 備考（アニメ版など） |
| 表紙 | ネコ化 | － |
| カラー | ゆびにんぎょう（ペーパークラフト） | － |
| カラー | キル魚姫 | － |
| 9～16 | ホラーお化け屋敷 | － |
| 19～24 | 掃除（ツインブレード箒、ロボット掃除機） | － |
| 25～32 | 芋畑 | － |
| 35～42 | びっくり箱 | － |
| 43～50 | UFO | － |
| 51～58 | サバイバルするゲーム | － |
| 59～66 | 催眠術キット | － |
| 67～74 | 見世物小屋（ソーニャトンボ、着ぐるみ人魚） | － |
| 77～84 | 段ボール戦車 | － |
| 85～92 | あぎりの植物園（ハンマーの実、ヘビイチゴ） | － |
| 95～102 | 福袋（色鉛筆120本セット、スパイカメラ） | － |
| 103～110 | 刺客コブラキング | － |
| 111～118 | 刺客ヘヴィーメタルスネーク | － |
（以下続刊中）
