アニメ版各話について、対応する漫画版のページを記載する。漫画版（原作）は、芳文社より刊行されている単行本を参照し、アニメ版はBD-BOX版に準拠している。
また、ベストアルバムCDと新作映像DVDを同梱した「キルミーベイベー・スーパー」も扱っている。大部分は原作漫画版の齣絵をそのまま下絵とした、ごく簡素なアニメであるが、約27分50秒の新作アニメーションとしてうまく成立している。この記事では「OVA」と表記している。
【 アニメ版の内容編成 】
元が四コマ漫画であるため、アニメ版の進行は大きく組み替えられている。アニメ版は各話の中でトピックが共通するようになっており（例えば第3話は超能力のエピソードと占いのエピソードが並べられている）、さらに全体が一年間の流れになるように整理されているのが見て取れる。
原作（漫画版）には存在しないアニメ独自の描写もある。アバン（キャラクターの自己紹介）とエピローグ（帰宅時風景）が追加されているおかげで、作品全体の雰囲気と二人の関係がアニメ独自の味付けになっている。大規模なものでは第5話の海辺エピソードと第7話の体育祭エピソードがあり、それ以外でも、全般に「呉織あぎり」や老教師（仮）が多めに登場するようにアレンジされている。「没キャラ」のシーンも、ほぼすべてがアニメ独自のエピソードである。
原作のエピソードは、単行本第4巻（アニメ放映中に発売）までのほとんどがアニメに収録されている。また、単行本第5巻と第6巻の一部は、サントラ同梱のDVD映像に含まれている。
| 話 | サブタイトル | 季節等（推測） |
| 1 | いぬをしのびてさくらさく | 4月。桜の花見。 |
| 2 | わざぬんちゃくでくまふうせん | 5月頃か。まだ冬服。 |
| 3 | えすぱのろえばあめずもう | 6月。夏服になっている。雨天。 |
| 4 | あいするすいかよがしかく | 7月。夏。蝉が鳴いている。 |
| 5 | むしをまつりてうみにんぎょう | 7月～8月。夏休みに入る。海と夏祭。 |
| 6 | へそからくりでてるごおり | 9月。2学期。途中から長袖に。台風。 |
| 7 | ぶんかおてだまできばせん | 10月。文化祭と体育祭。冬服になっている。 |
| 8 | はまりかなでりつきささり | 11月。落葉と冬の訪れ。 |
| 9 | つりつちのこしわすれえだ | 12月か。冬服。「つりつちのこ『しわす』れえだ」も12月に掛けているのかも。 |
| 10 | さんたつららてゆきだるむ | 12月。クリスマス前、降雪。 |
| 11 | ふろたこもちてはつゆめし | 1月。初夢。 |
| 12 | ちょこがねむけてけがしっぷ | 2月。バレンタインデー。 |
| 13 | きるがみーしてべいべする | 3月。梅のつぼみ。 |
| OVA | ぶつぞうけがってにせはろうぃーん | 10月から11月頃か。学生服は冬服で、ハロウィンエピソードがある。 |
【 比較対照リスト 】
Vは単行本の巻数(Volume)、コロンの右の数字はページを指す。Rはページの右側(Right)、Lはページの左側(Left)。例えば「V3:57-58R」とある場合、単行本3巻の57ページから58ページの右側までを指す。
| 話数 | 単行本の該当箇所 | アニメ版独自の部分、アレンジ要素など。 |
| 1 | V1:9-11, 20, 63-65R, 66-67R, 34-36R, 37-38, 15, 16L-17, 25, 26L-32, V2:43-50 | やすなの自己紹介（2回）。帰宅時風景（部室の心霊写真）。蟻地獄の術とガマガエルの術。桜の花見シーン。 |
| 2 | V1:47-48R, 49-53, 55-56R, 57, 59R, 62, 69-73R, 74-76, 101-102, 106-108, V3:57-58R, 59-64 | アバン（やすなの自己紹介）。カラスに太巻を取られるくだり。 |
| 3 | V1:39-44R, 45-46, V2:9-11, 12L-15, 16L, 59-61R, V1:112R, 19, 21-23, 115L | アバン（やすなの自己紹介）。包帯姿のやすな。雨天で「パンが黴びたり」の短いシーン。天気が予測できるプロ。妄想の太陽から、雨天の運動場を楽しむシーンまで。没キャラのシーン全般。 |
| 4 | V2:77-84R, V1:77-78R, 79L, 80L-84, 93-95R, 96-100, V2:62, 65L-66, 63, V3:73-80 | 水芸。ゴーヤの苗を生けるシーン。携帯電話を購入するあぎり。エピローグ（帰宅シーンなど）。 |
| 5 | V3:81-88, V2:85-92, 93-100 | アバン（「もうすぐ夏休み」）。夏祭の籤引き。海辺でのエピソード全体。帰宅シーン。 |
| 6 | V2:101-108, V3:49-56, V1:109-113, 114L, 114R, 115-116 | アバン（新学期の登校シーン）。プールに突き落とすシーン。 |
| 7 | V3:65-72, 9-16R | Aパートは全て独自エピソード（仮装する、息を止める、水の味を確かめる、文化祭トーク、体育祭）。帰宅シーン。 |
| 8 | V3:97-102, 41-48, 89-96 | アバン（物思いと秋の活動）。一斗缶エピソードのあぎり登場シーン。撃ち合いエピソードのオチ。 |
| 9 | V4:25-32, 51-58R, 61-66R, 67-68, 69-70R, 72R, 73L-76 | ピロシキ踊り。釣りエピソードの最後にあぎり登場。帰宅シーン。 |
| 10 | V2:25-32, V3:33-34R, 35L, 34L, 36-39R, 40, V2:17-24R, V3:20-24, 18-19R | 新年会がクリスマスパーティーになっている。帰宅シーンがアレンジされている。 ※アイキャッチの一つは単行本第3巻口絵のオリジナルクラフトプレーン。 |
| 11 | V2:118, V4:9-16, V3:4-7, 表紙, 25-32, V2:4-7 | 登校シーン（アバン）。「キル太郎」の後半部分は独自展開。双六シーン。銭湯に入るシーン。帰宅シーン。 |
| 12 | V2:109-116, 51-58, V3:111-118 | 狙撃シーン。バレンタインデーのシーン。 |
| 13 | V2:67-74, V4:43-50, V2:33-40R | TVを観るシーン。没キャラ登場シーン（2箇所）。ソーニャが脱出した後のシーン。帰宅シーン。 |
| OVA | V5:43-50, 9, 11-12, 13L-14R, 15-16, V4:17-21, 22L-23R, 24, 35-37, 39-40R, 41-42, V6:9-13R, 15-16, V5:95-97, 98L-102, V4:103-110 | 帰宅シーン。 ※アイキャッチの一部は、単行本第5巻の「ヤスナダケ」「ソーニャタケ」。 |
※アイキャッチが多数挿入されている。これらのアイキャッチ画像もほとんどはアニメ独自のものであるが、この記事では基本的に言及していない。
※オープニングの内容は、アニメ独自のもの。ただし、タイトル表示のレイアウトは単行本第1巻の表紙カバーに倣っている。また、原作漫画版にもUFOや宇宙人ネタが登場している（第2巻45頁、第4巻表紙）。
※エンディングの踊りは、単行本第1巻の中表紙の「キルミーダンス」。
【 原作（漫画版）単行本からの逆引き 】
単行本の配列に沿って、アニメ版のどの話数で扱われているかを示す。レイアウトや台詞回しはかなり細かく変更されているが、ここでは比較的大きな変更点のみを備考欄に記した。
| 単行本第1巻 | ||
| ページ | 話数 | 備考：アニメ版での変更点など。 |
| 9-11 | 1 | 朝の挨拶シーンは校舎内から路上へ変更。隠れ方も違う。 |
| 12-14 | x | － |
| 15 | 1 | － |
| 16R | x | － |
| 16L-17 | 1 | － |
| 18 | x | － |
| 19 | 3 | － |
| 20 | 1 | － |
| 21-23 | 3 | 腹話術が追加。 |
| 24 | x | － |
| 25 | 1 | － |
| 26R | x | － |
| 26L-32 | 1 | カメラ破壊は省略。あぎりの一発芸のくだりはアレンジ。 |
| 33 | x | －? |
| 34-36R | 1 | ソーニャが頭を机にぶつけない。やすなはずっと弁当箱を持っている。 |
| 37-38 | 1 | － |
| 39-44R | 3 | フォーク曲げ、ボールペン折りは省略。夏服になっている。 |
| 44L | x | － |
| 45-46 | 3 | 夏服になっている。 |
| 47-48R | 2 | ちかんのくだりは省略。 |
| 48L | x | － |
| 49-53 | 2 | ちかんのくだりは省略。 |
| 54 | x | － |
| 55-56R | 2 | － |
| 56L | x | － |
| 57 | 2 | － |
| 58 | x | － |
| 59R | 2 | 太巻を投げる代わりに、カラスに取られる。 |
| 59L-61 | x | － |
| 62 | 2 | － |
| 63-65R | 1 | 2本目はトマト牛乳。 |
| 65L | x | － |
| 66-67R | 1 | － |
| 67L-68 | x | － |
| 69-73R | 2 | － |
| 73L | x | － |
| 74-76 | 2 | － |
| 77-78R | 4 | 下敷きのくだりは省略。水芸を追加。 |
| 78L-79R | x | － |
| 79L | 4 | － |
| 80R | x | － |
| 80L-84 | 4 | 溺れる描写は省略。 |
| 85-92 | x | ※迷い猫を追いかける回は丸々省略。 |
| 93-95R | 4 | － |
| 95L | x | － |
| 96-100 | 4 | － |
| 101-102 | 2 | 冬服になっている。 |
| 103-105 | x | － |
| 106-108 | 2 | 割引券が福引券になっている。 |
| 109-113 | 6 | 「等身大」のくだりは別の場面（第3話）で使われている。 |
| 112R | 3 | － |
| 114R | 6 | － |
| 114L | 6 | － |
| 115-116 | 6 | 115Lは、別の場面（第3話）とくりかえし使われている。 |
| 115L | 3 | 同ネタの反復。ここではカエルではなく毛虫になっている。 |
| 単行本第2巻 | ||
| ページ | 話数 | 備考：アニメ版での変更点など。 |
| 4-7 | 11 | － |
| 9-11 | 3 | 夏服になっている。 |
| 12R | x | － |
| 12L-15 | 3 | 夏服になっている。 |
| 16R | x | － |
| 16L | 3 | 同日中に転倒。 |
| 17-24R | 10 | 多少アレンジされている。 |
| 24L | x | － |
| 25-32 | 10 | － |
| 33-40R | 13 | 自首のくだりが追加されている。 |
| 40L | x | － |
| 43-50 | 1 | 本物の変わり身の術は省略。蟻地獄の術とガマガエルの術を追加。 |
| 51-58 | 12 | － |
| 59-61R | 3 | 夏服になっている。 |
| 61L | x | － |
| 62 | 4 | 夏服になっている。 |
| 63 | 4 | 夏服になっている。 |
| 64-65R | x | － |
| 65L-66 | 4 | 夏服になっている。 |
| 67-74 | 13 | － |
| 77-84R | 4 | 油性マジックは見せるだけで、実際には使用していない。 |
| 84L | x | － |
| 85-92 | 5 | － |
| 93-100 | 5 | － |
| 101-108 | 6 | かき氷を食べるシーンはアレンジされている。また、スイカトークに代えてプールのシーンになっている。 |
| 109-116 | 12 | － |
| 118 | 11 | 単行本のおまけ漫画。 |
| 単行本第3巻 | ||
| ページ | 話数 | 備考：アニメ版での変更点など。 |
| 表紙 | 11 | － |
| 4-7 | 11 | 没キャラの扱いなど、後半部分はアレンジされている。 |
| 9-16R | 7 | p.11の「顔に止まってる」のくだりは省略。 |
| 16L-17 | x | － |
| 18-19R | 10 | － |
| 19L | x | － |
| 20-24 | 10 | 新年会ではなくクリスマスパーティーになっている。 |
| 25-32 | 11 | イカとタコのくだりが変更されている。 |
| 33-40 | 10 | 一部省略あり。37ページのやすなはジャージ姿に。 |
| 41-48 | 8 | 冬服になっている。 |
| 49-56 | 6 | 「口が堅い」の表現がアレンジされている。 |
| 57-58R | 2 | 冬服になっている。 |
| 58L | x | － |
| 59-64 | 2 | 冬服になっている。 |
| 65-72 | 7 | 冬服になっている。国語辞典を投げるくだりはアレンジされた。 |
| 73-80 | 4 | 画鋲のくだりは省略。 |
| 81-88 | 5 | － |
| 89-96 | 8 | 冬服になっている。 |
| 97-102 | 8 | 冬服になっている。あぎり登場シーンが追加。 |
| 103-110 | x | ※地震火事の回は丸々省略された。 |
| 111-118 | 12 | － |
| 単行本第4巻 | ||
| ページ | 話数 | 備考：アニメ版での変更点など。 |
| 9-16 | 11 | － |
| 17-21 | OVA | p.20の「達人初心者」のくだりは省略。 |
| 22R | x | － |
| 22L-23R | OVA | － |
| 23L | x | － |
| 24 | OVA | － |
| 25-32 | 9 | － |
| 35-37 | OVA | － |
| 38 | x | － |
| 39-40R | OVA | － |
| 40L | x | － |
| 41-42 | OVA | － |
| 43-50 | 13 | p.50Lはアレンジされている（積み間違い）。 |
| 51-58R | 9 | 冬服になっている。多少アレンジされている。 |
| 58L | x | － |
| 61-66R | 9 | 冬服になっている。多少アレンジされている。 |
| 66L | x | － |
| 67-68 | 9 | 冬服になっている。追加カットの忍亀は第6巻83頁のネタ。 |
| 69-70R | 9 | 冬服になっている。 |
| 70L-71 | x | － |
| 72R | 9 | 冬服になっている。 |
| 72L-73R | x | － |
| 73L-76 | 9 | 冬服になっている。 |
| 77-102 | x | 不気味な人形、催眠術、犬の散歩の回は使われていない。 |
| 103-110 | OVA | － |
| 111-118 | x | 節約の回は使われていない。 |
| 単行本第5巻 | ||
| ページ | 話数 | 備考：アニメ版での変更点など。 |
| 9 | OVA | － |
| 11-12 | OVA | － |
| 13L-14R | OVA | － |
| 15-16 | OVA | － |
| 17-42 | x | 使われていない。 |
| 43-50 | OVA | － |
| 51-94 | x | 使われていない。 |
| 95-97 | OVA | － |
| 98L-102 | OVA | － |
| 103-118 | x | 使われていない。 |
| 単行本第6巻 | ||
| ページ | 話数 | 備考：アニメ版での変更点など。 |
| 9-13R | OVA | － |
